Годы советской власти
После 1917 года – монастырь был закрыт, часть его зданий была передана под жилье, храмы стояли в запустении. Монастырские стены, башни, колокольня были разобраны
В 20-х годах под руководством известного архитектора П.Д. Барановского и искусствоведа И.Э. Грабаря в монастырских храмах производились реставрационные работы. Эти действия спасли здания от неминуемого разрушения. Однако, финансовые возможности благого дела были ограничены, работы прекратились, и в обители воцарилась «мерзость запустения».
В 1960 –х годах – на монастырском комплексе возобновились реставрационные работы. Силами Ярославской научно-реставрационной мастерской на Успенской церкви были восстановлены оконные проемы и кокошники, фигурная кладка и форма глав и крыши. Подновленные храмы по замыслу властей города должны были стать музеями.
В 1970 году – в переоборудованном помещении Алексеевской церкви открывается Угличская картинная галерея, где выставлялись работы известного художника-краеведа П.Д. Бучкина.
XXI век
17 февраля 1997 года – архитектурный ансамбль Алексеевского монастыря был передан Русской Православной Церкви. Возрождаемая обитель стала женской.
Первой настоятельницей была назначена игумения Миропия (Юрченко).
На прежнем месте появились монастырские ворота и помещение для келий. По заказу монастыря Московская иконописная мастерская «Канон» изготовила иконостас Успенской Дивной церкви.
2002 год – настоятельницей монастыря назначена игумения Магдалина (Сельская). При ней все монастырские постройки были освобождены от жильцов, которым были предоставлены отдельные квартиры.
В 2003-2004 годах – Древнерусская археологическая экспедиция Государственного Эрмитажа впервые исследовала Алексеевский собор. Экспедиция под руководством начальника архитектурного отряда Е.А. Туровой выявила факт сохранности храма «на всю высоту» и определила его датировку, отнеся к памятникам зодчества XVI века. Алексеевский собор признан единственным, сохранившимся в Угличе, хотя и в сильно перестроенном виде, памятником зодчества XVI века.
В монастырь вернулись одна за другой ее святыни – чудотворная икона Божией Матери Вратарница Угличская, «Свеча Неугасимая Огня Невещественного», чудотворная икона с Афона Николая Угодника, образ Казанской Божией Матери, подаренный обители в 1803 году мышкинской помещицей генеральшей Ширшиной-Микешиной.
В 2005 году – по благословению архиепископа Ярославского и Ростовского Кирилла при Алексеевском монастыре открыт приют для девочек-сирот «Святого Благоверного царевича Димитрия Угличского», директор – кандидат педагогических наук Надежда Андреевна Сельская.
В 2007 году – началось восстановление монастырской стены и был отреставрирован келейный корпус для детского приюта имени святого благоверного царевича Димитрия Угличского.
В 2017 году – открылся приют «Покров» для беременных женщин в критической ситуации и кризисный центр «Надежда» для оказания помощи многодетным и малоимущим семьям. Сестры занимаются милосердием, сохраняя и продолжая традиции, заложенные насельниками монастыря в прошлые века. Созданный монастырем кризисный центр «Покров» не реже двух раз в месяц организует благотворительные обеды для малоимущих семей.
В 2018 году– в сентябре, назначена настоятельницей монастыря монахиня Ольга (Сельская) . В миру — Сельская Надежда Андреевна. По образованию филолог, кандидат педагогических наук, имеет учёное звание доцента. Преподавала в Высших учебных заведениях, Ярославском Духовном училище.
8 августа 2020 год – на центральных вратах Алексеевского женского монастыря появилась надвратная икона с изображением Спасителя, Пресвятой Богородицы и Крестителя Господня Иоанна в мозаичном стиле. Подробнее>>
28 августа 2020 год – состоялся первый молебен в храме Успения Пресвятой Богородицы в селе Котово. По благословению епископа Переславского и Угличского Феоктиста, церковь приписана к Алексеевскому женскому монастырю. Подробнее>>
11 сентября 2020 год – В Угличе открылся храм для инвалидов. Состоялась первая литургия в обновленном храме Усекновения главы Иоанна Предтечи.